Vjeronaučna zgrada s Franjevačkom galerijom, s izložbenim prostorom površine veće od 300 m četvornih, sagrađena je od 1988. do 1990.[1]  Galerija je svečano otvorena 25. srpnja 1990. U trenutku otvorenja imala je katalogizirano oko 1.000 umjetnina, od kojih je u prvom postavu izloženo oko 280.[2]  Današnja zaklada sadrži oko 4.500 umjetnina. 

Otvorenju Galerije prethodila je godina 1975. i narudžba slike za samostansku blagovaonicu Dolazak fratara na Široki Brijeg (Bruno Bulić, ulje na platnu, 153 x 464 cm). Te su godine intenzivirane pripreme za osnivanje pinakoteke. U razdoblju od 1979. do 1990. u samostanu je upriličen čitav niz izložaba te dvije likovne kolonije.

Prvi likovni postav uradio je Igor Zidić. Odjel radova avangardnih umjetnika, koji je bio prvi i jedini stalni postav takve vrste u onodobnoj državi, uredili su sami autori pod naslovom Fra-yu-kult. 

Fratri su, osim djela suvremenih autora, uspjeli namaknuti (bilo kao dar bilo kupovinom po nevelikoj cijeni) vrsna djela poznatih autora s kraja XIX. i iz prve polovine XX. stoljeća, među kojima su: Nikola Mašić, Vlaho Bukovac, M. Celestin Medović, Uroš Knežević, M. Cl. Crnčić, Paja Jovanović, Emanuel Vidović, Ivan Tišov, Miroslav Kraljević, Oskar Hermana, Ljubo Babića, Karlo Mijić, Jerolim Miše, Nasta Rojc, K. Afana de Rivera, Joza Kljaković, Anka Krizmanić, Cata Dujšin Ribar, Vilko Gecan, Božidar Jakac, Zlatko Šulentić, Vilko Šeferov, Ljudevit Šestić, Ernest Tomašević, Milivoj Uzelac, Vladimir Varlaj, Ivo Režek, Milan Steiner… Na njih se nadovezuju imena i drugih slikara hrvatske moderne umjetnosti kao i pripadnika drugih naroda. Kipari su zastupljeni u znatno manjem broju: Toma Rosandić, Juraj Škarpa, Viktor Bernfest, Ivan Meštrović, čiji reljef u bronci Stigmata sv. Franje (460 x 231 cm) resi zapadnu fasadu galerijske zgrade, zatim Ivo Lozica, Pavao Perić i drugi.

Zajedno s djelima moderne umjetnosti u postav su uvršteni radovi slikara i kipara hrvatske naivne umjetnosti poput Ivana Generalića, Mije Kovačića, Ivana Lackovića Croate, Ivana Večenaja, Dragana Gažija i ostalih. 

Također, djelima su zastupljeni i avangardni umjetnici: Vlasta Delimar, Bojan Gorenec, Jusuf Hadžifejzović, Irwin, Jadran, Željko Kipke, Julije Knifer, Adrian Kovacs, Ivan Kožarić, Vlado Martek, Goran Petercol, Mladen Stilinović, Ilija Šoškić, Raša Todosijević te skupina Veš slikar svoj dolg (Znaš li, slikaru, svoju obvezu).

Domovinski se rat odrazio i na djelovanje Franjevačke galerije. Stalni je postav zadržan do listopada 1991. kad je većina umjetnina razmještena i pohranjena. Metalni su predmeti bili zakopani gotovo tri godine. Galerija je ipak nastavila s djelovanjem i 17. prosinca 1992., u jeku rata, otvorena je izložba Stvaramo, dakle jesmo. Nakon te prve priređivano je i petnaestak izložaba godišnje, među kojima su neke bile prvorazredan događaj. Primjerice, riječ je o djelima M. C. Medovića, S. Kopača, V. Bukovca, E. Vidovića, G. Jurkića te izložba djela starih majstora iz postava Galerije umjetnina Split. Osim toga, u izložbenom su prostoru održavani koncerti i šahovski turniri, predstavljane knjige, prikazivani filmovi. U Galeriji je 28. siječnja 1994. održana i Osnivačka skupština Društva hrvatskih likovnih stvaratelja HR Herceg Bosne koje je kasnije preraslo u Društvo hrvatskih likovnih umjetnika u Federaciji BiH. 

U prošlom ratu Franjevačka je galerija pretrpjela manje gubitke, ali je preuzela na čuvanje zbirku Franjevačkog samostana Konjic, veći dio umjetnina Gradske galerije Mostar (preimenovane u Galeriju kraljice Katarine Kosače), zatim više privatnih zbirki i neke sitnije predmete mostarskoga muzeja.

Prema broju i kvaliteti priređenih izložaba i drugih kulturnih događanja, kao i po umjetninama kojima raspolaže, Franjevačka je galerija u vrhu sličnih ustanova u BiH, pa i u okružju.

Prvo gostovanje u inozemstvu ostvareno je prije rata izložbom avangardnih umjetnika u Edinburghu u Škotskoj. Tijekom rata Galerija je u više navrata gostovala u Sloveniji i Hrvatskoj te u Bosni i Hercegovini.

Do 2018. Franjevačka galerija je djelovala – kad je registrirana kao samostalna ustanova pod imenom Franjevački muzej i galerija Široki Brijeg – kao nasljednica uništenoga muzeja koji je djelovao u sastavu Franjevačke gimnazije. Od tada, prema Statutu, aktualni gvardijan je i ravnatelj kulturne institucije.